Lyra est retenue prisonnière par sa mère, Mrs Coulter, qui tente de la contrôler en la maintenant dans un état de sommeil artificiel. Pendant ce temps, Will, accompagné du poignard subtil et aidé par des anges, part à sa recherche pour la sauver.
Après des épreuves difficiles, ils parviennent à se retrouver, mais leur mission est loin d’être terminée. Ils doivent désormais entreprendre un voyage encore plus dangereux : descendre dans le monde des morts. Leur aventure les entraîne à travers différents mondes et les confronte à des choix décisifs qui influenceront le destin de tous les univers.