Sarastro, souverain du Royaume du Soleil, a enlevé Pamina, la fille de la Reine de la Nuit. Celle-ci confie au prince Tamino la mission de délivrer sa fille des mains de Sarastro. Elle lui montre le portrait de la jeune princesse, dont il tombe immédiatement amoureux, et il part à sa recherche.
Accompagné du marchand d'oiseaux Papageno, Tamino doit surmonter de nombreuses épreuves et affronter de multiples dangers. Grâce à une flûte magique, ils finissent par retrouver Pamina dans le palais du puissant Sarastro.